海南孔雀雉和灰孔雀雉的区别主要体现在以下几个方面：

分布地区：海南孔雀雉是海南的特有物种，主要分布在海南的霸王岭、尖峰岭、鹦哥岭、吊罗山和黎母山等保护较好的原始林区。而灰孔雀雉则主要分布在云南的西双版纳和南部的热带雨林中。

体型和羽色：海南孔雀雉的体型较小，羽色较暗浓，眼斑也较小。而灰孔雀雉的体型较大，羽色较鲜艳，眼斑较大。

分类地位：海南孔雀雉在分类学上的地位已从特有亚种提升为独立物种，其命名也从灰孔雀雉变更为海南孔雀雉。

综上所述，海南孔雀雉和灰孔雀雉在分布地区、体型和羽色以及分类地位等方面存在明显的区别。