农村宅基地后院建围墙应该算是违建，因为算宅基地的面积是从围墙算起的，如果超过了宅基地的面积，都应该算是违建了。
单独申请宅基地使用权登记、申请宅基地使用权及地上房屋所有权登记，只收取不动产权属证书工本费，每本10元。申请集体建设用地使用权及建(构)筑物所有权登记的，应当按照相关规定缴纳不动产登记费80元(包含第一本证书工本费)。
不过也有的地方由市政府统一组织实施开展农村房屋不动产登记工作，不收取任何费用，不增加群众负担。农户只需要向当地不动产登记中心提出申请即可。
建围墙算不算违建要根据你的情形来决定，一般只要达到了这些标准就不算违建：没有打扰到别人的生活，并且对周围土地种植没有任何影响；手上具备建设用地的使用证，且在获得认可的范围内建设；围墙的位置没有在农田上等等。