上海市中小学住院平安意外险的报销比例因不同的医疗机构和不同的保险责任而异。

- 在二级及以下公立医疗机构，住院医疗费用报销比例为90%，起付线为1500元。

- 在三级公立医疗机构，住院医疗费用报销比例为80%，起付线为4000元。

- 在上海市公共卫生临床中心，住院医疗费用报销比例为70%，起付线为700元。

需要注意的是，在符合保险责任范围内的医疗费用中，社保目录范围内的部分可100%报销，而未在社保目录范围内的部分，医保负担90%，个人负担10%。

此外，该保险还可以报销以下特殊门诊病种的检查治疗费用，免赔额为300元，可报销70%。若在上海市公共卫生临床中心门诊治疗的，可报销70%，免赔额为300元。