关于金塔的由来，有一个美丽的传说。

很久很久以前，有两只金鸳鸯降落在北山脚下的水池里，从那以后方圆几百里风调雨顺，五谷丰登，人们就将这个水池叫“鸳鸯池”，还在山上修了一座鸳鸯寺，每到逢年过节的时候，老百姓就到寺里焚香，感谢两只鸳鸯带来的平安吉祥。这件事被肃州知府知道了，他立刻打起了鬼主意：“嘿，一对金鸳鸯至少也有十斤，那就是十斤金子呀。”他马上点齐三班衙役，亲自到鸳鸯寺上香，其实他是想借这个机会察看金鸳鸯的去向。

端午节的早晨，知府发现金鸳鸯在池中戏水，便下令让衙役放箭射死鸳鸯。一阵乱箭射去，一只金鸳鸯中箭而死，另一只展翅向山后飞去，知府一看高兴坏了，与衙役一起跳上木船向中箭的金鸳鸯划去。

话说飞走的那只金鸳鸯飞过芦苇，芦苇枯死；飞过鸳鸯寺，鸳鸯寺墙倒顶塌；飞过北山，北山轰然崩裂，山石如雨点般落下来，把知府一伙连人带船砸得稀烂。说来也怪，金鸳鸯飞到哪里，池水便流到哪里。它飞呀飞，飞过北山飞到一片荒漠的上空，向天空高叫三声，天空忽然乌云密布，一会儿便大雨倾盆。它又向地上高叫三声，地上顿时狂风大作，弧烟旋升，卷起一个巨型土柱。雨水淋土柱，土柱裹雨水，不一会儿一座金色的宝塔就凌空而降，高高地耸立在一座山顶上。金鸳鸯落到塔顶上又高叫三声，霎时风停了、雨住了、云散了，一道绚丽的彩虹横架天宇，从彩虹上翩然飞出一只金色的鸳鸯，塔顶的金鸳鸯见了欢叫一声迎了上去。两只金鸳鸯双双比翼，在塔顶盘旋了好大一会儿后一同钻进了塔里。接着，滚滚的大水又欢快地流回了鸳费池，方圆几百里又恢复了风调雨顺。从此，当地老百姓就把这座塔叫“金塔”，把金塔方圆几百里也叫“金塔”，而且这个地名一直沿用至今。