目前共有本部（中山路321号）、北院（中山北路53号）、江北国际医院（浦珠中路359号）三个院区。

南京鼓楼医院，又名南京大学医学院附属鼓楼医院，创建于1892年，已经具有127年历史，前身是由美国基督会资助的加拿大籍传教士威廉?爱德华?麦克林医学博士创建的一所“基督医院”，目前为集医教研为一体的大型综合性三级甲等医院，也是全国较早的西医院。