开发商分给单位门市房一般不会办理独立产权证，主要原因是门市房所在的楼层一般属于商业性质，与住宅楼不同，对于商业房产来说，一般属于集体土地上的不动产，由于土地归属的复杂性和权属的不确定性，会影响房屋的转让和交易安全，因此一般只会办理商品房预售合同或者以租赁方式使用。

如果需要办理房产证，通常需要满足政府规定的一定的条件和标准，比如住宅楼必须满足居住环境、交通出行、基础设施等条件，而商业门市房往往不满足这些条件。