两者之间的区别在于概念不同，所包含的意思也不一样。自有员工是指企业自己招聘管理的职工。而劳务派遣是指由劳务派遣机构与被派遣劳动者订立劳动合同，把劳动者派向其他用工单位在其他安排安排和管理下劳动的一种用工形式。
自有厂区和租赁厂区的主要区别在于产权和投资回报。自有厂区是指企业拥有土地和厂房的所有权，可以通过出售、出租或开发等方式获得投资回报。而租赁厂区则是企业向业主租赁厂房或土地使用权，只需要支付租金即可使用。
在财务表现上，自有厂区可能会在初始投资时产生较大的资金压力，但长期来看，其租金收入可能会更为稳定和可观。
而租赁厂区则可以减轻企业的初期投资压力，但长期租赁可能会面临租金上涨或续租问题。此外，租赁厂区可能还需要额外支付物业管理费用等。
自有员工通常是和本单位直接签劳动合同，为两方合同。劳动派遣是指单位和劳务派遣公司签合同，劳务派遣公司派出劳务人员，为三方合同。