会影响的。如果你在工作期间经常迟到，公司按照公司制度把你开除了，然后你不服气，又到劳动仲裁申请进行仲裁，那么这种情况就直接影响到劳动仲裁结果。
如果公司把你经常迟到的证据列举出来，即便仲裁但结果也不会乐观的，所以你要有心里准备
迟到扣除奖金不能算是警告，但是它可以作为工作纪律的一种表现方式。在职场中，都应该遵循一定的工作纪律，包括准时出勤。如果一个员工经常迟到，无疑是影响了整个工作团队的效率和积极性。
因此，扣除部分奖金可以作为提醒和警示，让员工重视工作纪律和准时出勤的重要性，而这也是公司对员工的一个管理和考核方式。
迟到是可以成为辞退的理由之一，但不能作为唯一的理由。企业需要以业务需要为导向，考虑员工迟到的影响程度及频率、员工表现等综合因素，进行综合评估后再做出决定。